Pierwotnie, przed osadzeniem się tutaj ludzi cały Beskid Sądecki porastały lasy. W górach głównie była to buczyna karpacka, w której dominował buk zwyczajny, domieszkę tworzyła jodła pospolita i jawor. Tylko w niektórych miejscach ostały się fragmenty tej niezmienionej przez działalność człowieka pierwotnej puszczy. Jawory są już rzadkie, jednak dawniej musiały występować znacznie częściej. Świadczą o tym pochodzące od jawora liczne nazwy geograficzne, nawet w takich miejscach, gdzie obecnie w ogóle już nie ma tego gatunku. Buka jednak ostało się jeszcze sporo, dawniej bowiem uważano go za drzewo nieprzydatne do celów budowlanych. Fragmenty buczyny karpackiej chronione są w kilku rezerwatach. Wycięte lasy zalesiano potem drzewami iglastymi, głównie świerkiem, który w reglu dolnym jest gatunkiem wprowadzonym przez człowieka. Za naturalne drzewostany świerkowe uważa się tylko świerkowe lasy w szczytowych partiach Radziejowej, Złomistego Wierchu i Wielkiego Rogacza. Nad potokami i rzekami występują łęgi, a na stromych skarpach nad Popradem i Dunajcem niewielkie grądy. Wielką rzadkością jest zachowany naturalny fragment lasu lipowego, chroniony w rezerwacie przyrody Las Lipowy Obrożyska.

Pomimo wielowiekowego osadnictwa region cechuje stosunkowa duża lesistość. Z wyjątkiem niżej położonych terenów sąsiadujących z miejscowościami, raczej mało jest tutaj polan i łąk w porównaniu z okolicznymi pasmami gór. Duże zasługi w ochronie lasów ma hrabia Adam Stadnicki – dawny właściciel tych terenów.

Różnorodność gatunkowa roślin jest dość duża. Ciekawostką jest występowanie większej liczby gatunków górskich, niż w sąsiednim i położonym bardziej na północ Beskidzie Wyspowym. Z rzadkich w Polsce roślin stwierdzono występowanie m.in. takich gatunków, jak: dwulistnik muszy, głodek żółty, goździk pyszny, irga czarna, kokorycz żółtawa, koniczyna pannońska, kręczynka jesienna, oman plamisty, ostrożeń dwubarwny, ostrożeń głowacz, pierwiosnek omączony, podejźrzon rutolistny, prosienicznik plamisty, przetacznik pokrzywolistny, przewiercień długolistny, turzyca zgrzebłowata, wiechlina styryjska, wyblin jednolistny, zaraza macierzankowa.